Научный совет по проблемам экологического образования (открыт в 1970 году, руководитель – академик РАО А.Н. Захлебный)
Научный совет по развитию предпринимательского образования (открыт в 2018 году, руководитель – член-корреспондент РАО Ю.Б. Рубин)
Научный совет по проблемам технологий виртуальной и дополненной реальности в образовании (открыт в 2021 году, руководитель – член-корреспондент РАО К.С. Голохваст)
Научно-методический совет по развитию социально-гуманитарного образования (открыт в 2023 году, руководитель – академик РАО О.Ю. Васильева)
Научный совет по развитию системы оценки качества образования (открыт в 2023 году, руководитель – академик РАО Болотов В.А.)
Научный совет по развитию естественно-математического образования (открыт в 2024 году, руководитель – член-корреспондент РАО Оржековский П.А.)
